档案密集架因其存储量大、节省空间、使用方便而广受档案管理部分的喜爱，她缓解了档案存储库房空间紧张的问题，改善了档案存储保护的环境。但是，由于密集架是档案装具领域的新秀产品，很多档案室的建设并不是为密集架量身定做的，这就为后期的档案保护工作带来很多问题。
一、库房密闭程度差，不利于库房防护措施的建设。很多档案密集架库房都不是提前设计规划好的，是在原有的档案室基础上改造的，没有对门窗进行改造，密闭性比较差。直接在里面安装密集架，对于方面防尘、防光、防虫鼠都有很大的问题，特别是密集架库房内干湿度的控制，很难管理。
二、很多密集架库房放在一楼，湿气大。局限于楼房的承重能力问题，再加上密集架自身的重量较大，大多数单位的密集架库房都建设在一楼。这种情况下，如果地面没有做防水处理，密集架库房就很容易湿度超标。
三、档案密集架中一旦出现污染之后，很容易大面积扩散。如果不是全封闭式密集架或门板侧板不全，密集架内部是很容易出现大面积虫蚀、霉变，一旦其中某一部分被虫鼠侵蚀，其他部分会在短时间内被污染。或者是一些盛放气体的密集架，如果出现气体泄漏，污染是很难控制的，会通过密封不好的库房穿到外面。
关于建在一楼的密集架库房湿度很难控制，但是关于密集架自身的功能还是可以解决的。花都密集架自带防尘、防鼠、防光等功能，密集架自身的密封性较好，如果是特殊存放，还可以选择全封闭密集架，减少内部污染的出现。
